調査研究事業では、下記２つを柱に事業を行っています。

胎生期エピジェネティック制御研究に関する会議を定期的に開催し、早稲田大学や様々な機関の専門家を交え、エピジェネティックに関する専門的知見の交流を行い、今後の基礎研究や臨床研究（コホート研究）の支援事業、および啓発・教育研修事業、並びに出版事業に活かして行きます。

早稲田大学総合研究機構胎生期エピジェネティック制御研究所と連携し、個人情報保護法に基づいた妊婦とその子の胎生期からの小児期全過程にかけての栄養状況、発育状況、健康調査などの長期追跡大規模コホート調査を行います。

また、この調査により収集される種々の生体試料（臍帯血、リンパ球、など）が公共財として次世代の健康確保を目指した疾患発症・病態形成の環境要因解明の研究に適正に用いられる様に保管運用管理業務と調査データの統計解析を行います。